一是交通不方便。1999年西部地区铁路营业里程占全国铁路营业总里程的37%；铁路密度是全国平均水平的一半。1999年西部地区公路里程占全国公路总里程的39%；公路密度为全国公路密度的55%。西部地区交通不方便，将会导致西部地区在对外开放、产品成本等方面失去应有的竞争优势。
二是生态环境脆弱。由于西部地区的气候、土壤、水文、植被等在人的影响下容易发生变化，表现为生态环境的脆弱性。脆弱的生态环境将是西部地区发展的限制性因素，也是对西部大开发提出的大问题。因此必须坚持“在保护中开发，在开发中保护”的原则。
三是地理位置不利。东部沿海地区有诸多的海河良港，且临近许多经济发达的国家或地区，便于联系和发展贸易。而西部地区深入内陆，离海岸线较远，与外界的交往和交流十分不便。尽管国家实施了沿边开放战略，西部边疆地区开放了一些边境城市，边贸比较活跃，也刺激了一些地区经济的发展。但是，与西部相邻的都不是发达国家，边贸大部分是互补性的易货贸易，市场扩展受到巨大的制约。
四是面临资金约束。过去受国家向东部倾斜投资政策的影响，西部地区的固定资产相对较少。西部地区资金的自身积累能力不够。信贷资金不足且流失严重。西部地区吸引外资和资金自筹能力不如东部地区。资金投入产出率低。西部大开发的实施虽然会对西部注入大量的资金，但是由于上述几方面的原因，仍将制约西部地区的快速发展。
五是劳动力素质低下，生产效率难以提高。西部地区劳动力素质低，是我国文盲和半文盲最集中的地区，接受新技术、新工艺的能力差，接受培训和教育的机会少；缺乏以市场经济为背景的新思想、新观念，传统观念的阻碍很大。而且由于收入水平低等原因，西部地区人才资源仍将大量外流。劳动力的整体素质低，生产效率也难以提高。人的观念的落后。如果说东西部地区在地理位置、基础设施等方面的差距是有形的，那么，东西部地区在观念、思想解放程度上的差别则是无形的、内在的。保守、平均、轻商等意识观念，已成为制约西部地区经济较快发展的羁绊。
六是面临着外部环境的变化。世界经济的发展总体上正在发生深刻的变革，世界范围内正在进行经济结构调整。科技突飞猛进，经济对科技的依存度加大。我国经济发展日新月异，对外开放将使经济竞争更加激烈；我国的市场格局正在从短缺向相对过剩转变，产业结构面临着巨大的调整。诸多变化给经济发展带来深刻的影响，带来新的发展机遇的同时，也使西部发展面临更大的困难和挑战，甚至比改革开放初期发展东部地区更加困难。西部大开发不可能走东部崛起的老路，必须依靠科技，适应知识经济的发展，通过实行知识、人才资本开发战略和可持续发展战略，实现跨越式发展。